O IGEO está organizado nos seguintes órgãos e serviços:
1. ÓRGAOS DE GESTÃO PERMANENTE DO IGEO:
1.1 Conselho de Administração;
1.2 Presidente do Conselho de Administração
1.3 Conselho fiscal;
1.4 Conselho Técnico;
2. SERVIÇOS DE APOIO AGRUPADOS:
2.1 Departamento de Apoio ao Presidente do Conselho de Administração
2.2 Departamento de Administração e Serviços Gerais;
2.3 Departamento de Recursos Humanos e das Tecnologias de Informação;
3. SERVIÇOS EXECUTIVOS:
3.1 Departamento de Geologia, Recursos Minerais e Ambiente;
3.2 Departamento de Geofísica, Teledetecção e Hidrogeología;
3.3 Departamento de Desenvolvimento Tecnológico e de Documentação Geológico-Mineira;
3.4 Laboratório Geocientífico Central - Luanda;
3.5 Departamento de Sondagem, Manutenção e Infra-estruturas;
4. SERVIÇOS LOCAIS:
4.1 Serviços Regionais;
4.2 Laboratórios Geocientíficos;
4.3 Museu Geológico-Mineiro.